A sziget mai formája a Kr. e. 1600-as években bekövetkezett irdatlan erejű vulkanikus robbanás maradványaként alakult ki. A kitöréssel járó szökőár Krétát is elmosta, és vele együtt a minószi civilizáció is véget ért, sőt a bibliai hetedik, nyolcadik és kilencedik csapást is a santorini vulkánkitörés „számlájára írták”, hiszen a vulkáni hamu előbb sötétséget és hideget, majd hatalmas viharokat okozhatott.